جسد فرخنده در حالیکه بانوان آن را بردوش می کشیدند با حضور هزاران نفر به خاک سپرده شد و بخش زیاد مراسم تدفین وی از سوی زنان انجام شد.
فرخندۀ ۲۷ ساله سه روز پیش در زیارت شاه دو شمشیرۀ شهر کابل از سوی گروهی از افراد خشمگین به خاطر این ادعا که گویا وی قرآن کریم را سوزانده است تا سرحد مرگ لت و کوب شد و سپس جسدش از سوی همین افراد در بستر دریای کابل به آتش کشیده شد.
فرخنده یک عضو جامعۀ مدنی افغانستان می گویدکه برای آنان محاکم صحرایی قابل پذیرش نیست. او می گویدکه قتل بیرحمانۀ یک دختر جوان در قلب شهر به مثابۀ قتل انسانیت در افغانستان است.
شمار زیاد فعالان مدنی افغان با انتقاد و ابراز انزجار از این رویداد از حکومت خواستند تا قاتلین فرخنده را دستگیر کرده و به جزای اعمال شان برساند.
فعالان در مراسم خاکسپاری جسد فرخنده هشدار دادند که تا زمانیکه عاملین قتل خشونتبار این بانوی جوان محاکمه نشده اند، آرام نخواهند گرفت.
محمد نادر پدر فرخنده به رسانه ها گفت که دخترش با بیرحمی تمام، بدون شواهد و مدارک کشته شده است.
محمد نادر می گویدکه فرخنده تعلیمات دینی را فرا می گرفت و برای زنان در مورد دین اسلام تبلیغ می کرد. او گفت که عامل قتل دخترش تعویذنویس مسجد شاه دو شمشیره است.
جنرال ظاهر ظاهر رئیس ادارۀ مبارزه با جرایم جنایی وزارت امور داخلۀ افغانستان گفت که تا کنون به شمول ملایی که عامل تحریک مردم پنداشته می شود، ۱۳ نفر در پیوند با این قضیه بازداشت شده است.
آقای ظاهر گفت که هر آن کسی که در قتل فرخنده دست داشت باشد به سزای اعمالش خواهد رسید. او افزود که منسوبین پولیس که از وقوع این رویداد جلوگیری نکرده و در انجام وظیفۀ شان سهل انگاری کرده اند نیز مورد بازپرس قرار خواهند گرفت.
محمد اشرف غنی رئیس جمهور افغانستان پیش از عزیمت به سوی ایالات متحده امریکا کمیسیون ویژۀ را به ریاست مولوی محی الدین بلوچ برای پیگرد در مورد قضیۀ قتل و سوزانیدن جسد فرخنده توظیف کرد.
خانوداۀ فرخنده به محمد ایاز نیازی خطیب مسجد وزیر اکبر اجازۀ شرکت در مراسم تدفین را نداد. آقای نیازی یک روز پس از این رویداد گفته بود که اگر دولت عاملین آن را بازداشت کند قیام مردمی برپا خواهد شد.
از سوی دیگر شماری از فعالان مدنی در شهر مزار شریف در یک راهپیمایی این رویداد را به شدت محکوم کرده و خواستار دستگیری و مجازات عاملین قتل فرخنده شدند.