همزمان با انتشار گزارش‌ها در مورد افزایش مهاجرت وآنچه "فرار مغزها" از ایران خوانده شده است، آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران از روند مهاجرت نخبگان آن کشور انتقاد کرد.
آقای خامنه‌ای روز چهارشنبه ۱۷ نومبر (۲۶ عقرب) در دیدار با گروهی از "نخبگان جوان و استعدادهای برتر علمی، برخی افراد در دانشگاه‌های ایران را "عناصری" دانست که به گفته او جوانان را نسبت به آینده مایوس و "به ترک کشور تشویق می‌کنند".
آقای خامنه‌ای گفت: "در بعضی از دانشگاه‌ها عناصری هستند که جوان نخبه را تشویق می کنند به ترک کشور، من صریح می گویم این خیانت است، این خیانت است، این دشمنی با کشور است، دوستی با آن جوان هم نیست."
وب‌سایت تجارت‌نیوز چند روز پیش بر اساس تازه‌ترین آمار مرکز نظارت مهاجرت ایران گزارش داد که "۳۷ درصد از دارندگان مدال در المپیاهای دانش‌آموزی، ۲۵ درصد از مشمولان بنیاد نخبگان و ۱۵ درصد از رتبه‌های زیر هزار کانکور سراسری، مقیم کشورهای دیگر هستند."
همچنین خبرگزاری تسنیم ایران چند ماه پیش گزارش داد که روزانه به گونۀ اوسط ۲۰ فارغ‌التحصیل دانشگاهی و نخبۀ علمی ایران به خارج از این کشور مهاجرت می‌کنند.
انتقاد آیت‌الله خامنه‌ای از روند مهاجرت نخبگان از ایران در شرایطی است که شیوه رهبری او در سه دهۀ گذشته از نگاه بسیاری از منتقدان زمینه‌ساز نارضایتی در میان شهروندان و به ویژه جوانان بوده است.
اعمال محدودیت‌های سیاسی، اجتماعی و فرهنگی توسط حاکمیت، در کنار چشم انداز مبهم اقتصادی از جمله عواملی اند که به باور کارشناسان به افزایش مهاجرت از ایران دامن زده است.
چهارده تن از فعالان سیاسی و مدنی ایران حدود یک و نیم سال پیش با انتشار بیانیه‌ای خطاب به خامنه‌ای خواستار استعفای او و تغییر قانون اساسی ایران شدند. آنان گفتند که قانون اساسی کنونی مجلس فرمایشی، دولت بی‌اختیار، و قوه قضائیه‌ای غیرمستقل ایجاد کرده است.
چندی پس از آن، ۱۴ تن از فعالان زن در ایران با توجه به نابرابری‌ها و مشکلات زنان در ایران، با انتشار نامه‌ای خواستار عبور از جمهوری اسلامی و تدوین قانون اساسی جدید شدند.
مقام‌های امنیتی جمهوری اسلامی، امضاکنندگان این نامه‌ها را به تلاش برای "طراحی فتنه جدید" متهم و بسیاری از امضاکنندگان این دو نامه را بازداشت کردند.