همزمان با آغاز دروس برخی از پوهنتون‌های خصوصی در کابل و ولایات، رهبری طالبان دستور داده که این پوهنتون‌ها فعالیت خود را مطابق "سیاست" این گروه تنظیم کنند.
ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی این گروه ناوقت روز دوشنبه ۱۸ اکتوبر (۲۶ میزان) گفت که رهبری این گروه در نشست شورای وزیران، به وزارت تحصیلات عالی دستور داده است که برای "معیاری سازی" پوهنتون‌ها، به شمول پوهنتون‌های خصوصی، اقدامات قوری را روی دست گیرد.
آقای مجاهد افزوده که کمیسیون‌های را برای بررسی نهادهای تحصیلی ایجاد کرده و آنان و کار را در این مورد آغاز کرده اند.
طالبان همچنین از پوهنتون‌های خصوصی خواسته اند که پس از دریافت "جواز قانونی" به جذب دانشجویان اقدام کنند.
طالبان به تاریخ ۱۵ اگست (۲۴ اسد) بر افغانستان مسلط شدند، و از آن زمان تا کنون پوهنتون‌های دولتی به روی دانشجویان مسدود اند.
اخیراً اکثر پوهنتون‌های خصوصی افغانستان صنوف درسی شان را از سر گرفتند، اما میان صفوف محصلان دختر و پسر پرده کشیده بودند.
این در حالی است که پیش از این سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان از سیاست جدید آموزشی آنان در افغانستان خبر داده بود.
عبدالباقی حقانی، سرپرست این وزارت بر اساس این پالیسی، زنان و دختران افغان اجازۀ تحصیل در پوهنتون‌ها و موسسات تحصیلات عالی را خواهند داشت، اما صنوف درسی آنان از مردان جدا خواهد بود.
آقای حقانی به تاریخ ۱۲ سپتمبر (۲۱ سنبله) در صحبت با خبرنگاران گفت که به زودی و پس از فراهم کردن زمینۀ برگزاری صنوف جداگانۀ دختران و پسران، دروس پوهنتون‌های دولتی آغاز خواهد شد.
مقامات طالبان گفته اند که پالیسی‌های حکومت گذشتهٔ شان را تکرار نخواهند کرد؛ رژیمی که تعلیم و تحصیل دختران را منع کرده بود. این گروه تعهد کرده است که دختران می‌توانند به تحصیلات شان در صنوف جدا شده ادامه دهند.
شماری به این باور اند که مقررات جدید طالبان یکبار دیگر زنان و دختران را از ادامۀ تحصیل محروم خواهد کرد، زیرا مراکز آموزشی و پوهنتون‌های افغانستان، منابع کافی، از صنوف درسی گرفته تا آموزگاران زن را در اختیار ندارد تا صنوف دختران و پسران را از هم جدا کند.