پس از آنکه عبدالله عبدالله، رییس اجراییه حکومت افغانستان، به تاریخ پنج سپتمبر (۱۴ سنبله) با صدور حکمی جلو اجرایی شدن فرمان رییس جمهور محمد اشرف غنی پیرامون بررسی عملکرد وزارت خارجه را گرفت، اکنون ریاست جمهوری می‌گوید که "هیچ مرجع حق تعلیق حکم رییس جمهور را ندارد."
ریاست جمهوری افغانستان امروز ۱۹ سپتمبر (۲۸ سنبله) با نشر اعلامیۀ گفته است: "از آنجاییکه صلاحیت های رییس جمهور به گونه واضح در قانون اساسی افغانستان تسجیل یافته است، بناً هیچ مرجع حق ندارد که حکم رییس جمهور را به حالت تعلیق درآورد."
عبدالله عبدالله طی مکتوبی گفته بود که حکم رییس جمهور غنی در خصوص بررسی وزارت امور خارجه در ایام کارزارهای انتخاباتی "جنبۀ کمپاینی" دارد.
اما ریاست جمهور می‌گوید که بررسی و تفتیش وزارت خارجه بر اساس حکم ریاست جمهوری، از سوی هیاتی که به همین منظور توظیف شده است، ادامه خواهد یافت.
رییس جمهور افغانستان پس از آن فرمان بررسی این وزارت را صادر کرد که کمیته مستقل مشترک نظارت و ارزیابی مبارزه علیه فساد اداری از عدم شفافیت در روند استخدام و اعزام کارمندان وزارت امور خارجه به خارج از کشور گزارش داد.
بر اساس یافته‌های این گزارش، ۴۴ درصد کارمندان وزارت خارجه در جریان سال‌های ۲۰۱۱ تا ۲۰۱۷ بدون هیچ گونه امتحان رقابتی، استخدام شده‌اند.
پیش از آن، رییس جمهور افغانستان خواست، ناهید ایثار را به حیث معین در وزارت خارجه مقرر کند که این امر با مخالفت صلاح الدین ربانی، سرپرست وزارت خارجه مقابل شد.
اما ریاست اجراییه با نشر اعلامیۀ از پایان اختلافات در این خصوص و اصلاحات در وزارت خارجه خبر داده بود.