شورای امنیت ملی افغانستان می‌گوید که طالبان در زندان‌های شان، زندانیان را شکنجه می‌کنند، مورد ضرب و شتم قرار می‌دهد و حتا می‌کشند.
پس از آن که پتریشیا گوسمن، معاون بخش آسیا در دیدبان حقوق بشر، تخویف، لت و کوب، اعدام را از جمله مواردی خواند که طالبان بر زندانیان شان تطبیق می‌کنند، شورای امنیت ملی افغانستان نیز تایید که افراد رها شده از زندان‌های طالبان از شکنجه و اذیت حکایت کرده اند.
رحمت‌الله اندر، سخنگوی شورای امنیت ملی این کشور روز دوشنبه ۱۵ مارچ (۲۵ حوت) با فرستادن پیام تصویری به رسانه‌ها گفت: "تحقیقات و اظهارات دیدبان حقوق بشر در مورد برخورد طالبان با زندانیان بجا است. آن شمار سربازان امنیتی و دفاعی که در نتیجۀ عملیات آزاد شده اند، گفته اند که عذاب کشیده اند. در گرسنگی، تشنگی، تاریکی، سرما، گرما و سایر مشکلات نگهداری شده اند."
او رفتار طالبان با زندانیان را خلاف شریعت و اصول حقوق بشری خوانده و گفته است که گروه طالبان هیچ‌گونه امکانات، مکان، ظرفیت، گماشتن وکیل مدافع و صلاحیت قضایی نگهداری محبوسین را ندارند.
اما طالبان اظهارات دیدبان حقوق بشر را رد کرده و گفته اند که بر اساس شایعات "حکومت کابل" ترتیب شده است.
پیش از این هیات معاون ملل متحد در افغانستان (یوناما) و کمیشنری عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد به تاریخ ۱۹ دلو سال روان خورشیدی با نشر گزارشی اعلام کرد که شکنجه زندانیان، طبق قوانین بین‌المللی ممنوع است و به طور گسترده‌ای در زندان‌های افغانستان جریان دارد.
روپرت کلویل، سخنگوی کمیشنری عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد به صدای امریكا گفته بود که فیصدی واقعات شکنجه در مقایسه به دو سال پیش کاهش یافته، اما با آنهم به گونهٔ نگران‌کننده بلند است.
این سازمان همچنان از برخورد طالبان با محبوسین در توقیف‌گاه‌های آن گروه نگرانی کرده است.