اولیای شماری از شاگران مکاتب افغان – ترک نگرانی شان را از بسته شدن این مکاتب در افغانستان به حامدکرزی رئیس جمهور پیشین افغانستان ابراز کردند و با تاکید بر کیفیت عالی تدریسی این مکاتب خواستار جلوگیری از بسته شدن آن شدند.
پس از کودتای نافرجام سال گذشته در ترکیه، انقره تصمیم گرفت که مکاتب ترک را در بیرون از مرزهای آن کشور ببندد که مکاتب افغان – ترک در افغانستان و پاک – ترک در پاکستان نیز شامل آن می‌شود.
مکاتب ترکیه در بیرون از آن کشور، از سوی جریان سیاسی فتح الله گولن تمویل و مدیریت می‌شود، شخصیکه به ادعای مقام‌های ترکی، طراح اصلی کودتای نافرجام سال گذشته در ترکیه بود.
قرار است شورای امنیت ملی افغانستان در مورد سرنوشت مکاتب افغان – ترک تصمیم بگیرد. هرچند پیش از این صدر اعظم ترکیه در دیدار با عبدالرشید دوستم معاون ریاست جمهوری افغانستان وعده سپرده بود که انقره با تغییر در مدیریت مکتب‌های افغان – ترک به کمک در عرصۀ آموزش و پرورش در افغانستان ادامه می‌دهد.
کبیر حقمل، رئیس نشرات وزارت معارف افغانستان، در صحبت با صدای امریکا از کارکرد و کیفیت تدریسی مکاتب افغان – ترک تمجید کرد، اما نگفت که سرنوشت این مکاتب چی خواهد شد.
نخستین مکتب افغان ترک در سال ۱۹۹۵ در افغانستان گشایش یافت و اکنون شمار آن در سرتاسر افغانستان به ۲۰ مکتب می‌رسد که در آن حدود ۸۵۰۰ شاگرد درس می‌خواند. تا کنون بیش از ۵۰۰۰ شاگرد از مکاتب افغان - ترک فارغ شده است.