مقامات وزارت داخله و قوه قضاییه ایران گفته اند که در حال حاضر پنج‌هزار و ۳۹۹ شهروند افغانستان در زندان‌های مختلف این کشور به دلیل ارتکاب جرایم گوناگون زندانی اند.
به نقل از خبرگزاری ایسنا، کاظم غریب‌آبادی، معاون امور بین‌الملل قوه قضاییه ایران گفته است که حدود ۹۵ درصد از زندانیان خارجی را در این کشور شهروندان افغانستان تشکیل می‌دهند.
او افزوده است: "پیگیری‌های لازم برای انتقال محکومان واجد شرایط بر اساس توافقنامه دوجانبه [با افغانستان] در حال انجام است و امیدواریم امسال به نتیجه برسد."
وزارت داخلۀ ایران گفته است که مواد مخدر، سرقت، جرایم علیه اشخاص، عبور غیر مجاز از مرز، جرایم منافی عفت عمومی، جرایم علیه املاک و علیه امنیت جرایمی است که این زندانیان مرتکب شده اند.
بر اساس معلومات این وزارت، این شهروندان افغانستان، بیشتر در زندان‌های تهران، خراسان رضوی، اصفهان، یزد، فارس، کرمان، سیستان و بلوچستان، البرز، قم، خراسان جنوبی و سمنان دوران محکومیت شان را سپری می‌کنند.
این در حالی است که هیات قوه قضاییه ایران در اواخر سال گذشته خورشیدی با مقامات طالبان در کابل در مورد رسیدگی به مشکلات زندانیان، تعمیل موافقتنامهٔ استرداد زندانیان میان دو کشور، دریافت میکانیزم‌های بدیل برای افغان‌های محکوم به اعدام و همکاری‌های حقوقی و جنایی مربوط به مهاجران افغان گفتگو کرده بود.
حکومت پیشین افغانستان و ایران تفاهمنامۀ تبادلۀ زندانیان را امضا کرده بودند که بر اساس آن صدها افغان زندانی از ایران به افغانستان منتقل شدند.
همچنان وزارت خارجۀ حکومت طالبان به تاریخ ۱۵ حوت ۱۴۰۱گفته بود که مقام‌های ایرانی ۲۶۸ زندانی افغان را که در محابس ایران در بند بودند، به افغانستان منتقل کردند.
شماری از افغان‌ها در ایران به اعدام نیز محکوم شده و برخی نیز اعدام شده اند، هرچند که معاون امور بین‌الملل قوه قضاییه ایران هرچند چیزی نگفته است.
سازمان حقوق بشر ایران مستقر در ناروی و سازمان حقوق بشر ایران مستقر در پاریس با نشر اعلامیه‌ای مشترک گفته اند که حکومت ایران از آغاز سال ۲۰۲۴ میلادی تا حالا ۸۳ نفر را اعدام کرده است که شامل دو زن و ۱۸ نوجوان زیر ۱۸ سال می‌شود، اما در مورد هویت آنان چیزی نگفته است.
بحث در مورد سرنوشت افغان‌های محکوم به اعدام در زندان‌های ایران از دیر زمانی ادامه دارد.
حکومت پیشین افغانستان نیز در این مورد با ایران در تماس بود، اما تا حال پیشرفتی در این زمینه رونما نشده است.
ضیا احمد تکل، معاون سخنگوی وزارت خارجه حکومت طالبان به تاریخ ۲۰ می سال گذشته میلادی در مصاحبه‌ای با تلویزیون ملی افغانستان گفته بود که تعداد زندانیان افغان در معرض مجازات اعدام در ایران ۲۰۰ نفر است.
تکل در آن زمان تایید کرده بود که حکومت طالبان توانسته با ایران به یک تفاهم برسد تا ۲۰۰ شهروند افغانستان که در آنجا به اعدام محکوم شده اند، جزای اعدام بر آنها تطبیق نشود.
پیش از این مقامات طالبان از ایران خواسته اند که زمینۀ دیدار مسوولین نمایندگی‌های سیاسی و قونسلی این گروه با زندانیان افغان در ایران فراهم شود و به مشکلات آنان نیز رسیدگی صورت گیرد.