با آنکه در گذشته برخی پژوهش‌های طبی از مشکلات صحی ناشی از نوشیدن قهوه هشدار داده بود، اما تحقیقات جدید شواهد قوی را ارایه کرده است که بر مزایای متعدد صحی قهوه تاکید دارد.
قهوه حاوی کافیین است که یک مادهٔ محرک سیستم عصبی مرکزی پنداشته شده و دارای قابلیت مبارزه با خستگی و افزایش انرژی می‌باشد.
برخی تحقیقات طبی نشان داده است که نوشیدن قهوه سبب کاهش ابتلا به بیماری شکر نوع دوم می‌شود. چنین تصور می‌شود که قهوه فعالیت سلول‌های بیتا را در پانقراس حفاظت می‌کند. این سلول‌ها مولد انسولین است، ماده‌ای که سطح شکر خون را تنظیم می‌کند.
تحقیقات طبی حاکی از آن است که نوشیدن قهوه سبب تامین سلامت مغز شده و خطر ابتلا به بیماری‌هایی چون الزایمر و پارکینسن را کاهش می‌دهد.
بر اساس یافته‌های علمی، قهوه سبب تغییر عملکرد بدن در ذخیره سازی چربی شده و از آن طریق در تنظیم وزن سالم بدن نقش بازی می‌کند. همچنین کسانیکه قهوه می‌نوشند، از نظر فزیکی بیشتر فعال اند که خود در جلوگیری از چاقی و تنظیم وزن بدن موثر است.
یک تحقیق دیگر طبی ثابت کرده است که نوشیدن قهوه با کاهش خطر ابتلا به افسردگی ربط دارد. یافته‌های این تحقیق نشان داده است که نوشیدن هر پیاله قهوه در روز سبب کاهش هشت درصدی خطر افسردگی می‌شود.
چندین تحقیق دیگر نشان داده است که قهوه می‌تواند سلامت جگر را تضمین کرده و از ابتلا به طیفی از بیماری‌های این عضو به شمول سرطان جگر جلوگیری کند.
تضمین سلامت قلب یکی دیگر از مزایای نوشیدن قهوه است. یک تحقیق طبی نشان داده است که قهوه سبب کاهش خطر ابتلا به بیماری‌های قلبی، به شمول سکته و عدم کفایه قلب می‌شود. اما باید به خاطر داشت که کافیین موجود در قهوه فشار خون را متاثر می‌کند، از اینرو، بر اساس یافته‌های طبی، کسانیکه فشار خون دارند، باید مصرف قهوه را محدود کنند.
داکتران سفارش می‌کنند که برخی افراد، به ویژه زنان باردار و شیرده، کودکان و نوجوانان باید در مصرف قهوه محتاط باشند. همچنین نوشیدن قهوه، سبب اخلال در جذب کلسیم می‌شود، از این رو کسانیکه مبتلا به بیماری پوکی استخوان اند، باید از مصرف زیاد قهوه پرهیز کنند.
یکی دیگر از عوارض افراط در نوشیدن قهوه اختلال خواب است، از اینرو کسانیکه مشکلات خواب دارند، باید کمتر قهوه مصرف کنند. پس از نوشیدن قهوه، کم از کم شش ساعت نیاز است تا این ماده به کلی از بدن طرح شود، از اینرو بهتر است که قهوه پس از عصر روز نوشیده نشود تا خواب شبانه را مختل نکند.