حکومت افغانستان می‌گوید که جنگ نیروهای افغان در مقابل طالبان و سایر گروه های مسلح مخالف دولت "جهاد" است.
صدیق صدیقی، سخنگوی ریاست جمهور افغانستان به صدای امریکا گفت که جنگ طالبان در تضاد با ارزش های دین اسلام است.
آقای صدیقی گفت:" طالبان زیر سایه دین، بزرگترین جنایات ضد بشریت را انجام می‌دهند. جنگ شان ناروا است و جهان اسلام به شمول امام کعبه شریف که قبله مسلمانان است، جنگ طالبان را حرام دانسته و آنرا منافقت دانسته است."
صدیقی گفت: "دفاع نیروهای افغان دفاع مشروع است؛ دفاع در برابر منافقت و جنگ علیه باطل است. ازینرو می‌توان این دفاع را جهاد نامید، جهاد برای حفظ کشور ما از شر منافقین، حفظ نوامیس و خاک در برابر تجاوز یک گروه ویرانگر."
اما طالبان که افغانستان را "اشغال‌شده" و حکومت این کشور را "دست نشانده" می‌خوانند، ادعا دارند که جنگ و شورشگری این گروه بر ضد دولت افغانستان بر حق و "جهاد" است.
اما طالبان در افغانستان مسوولیت حملاتی را بر عهده گرفته اند که در آن غیرنظامیان به شمول کودکان و زنان کشته شده اند. بیشتر این حملات، انتحاری بوده است؛ حملاتی که علمای افغانستان و سایر علمای جهان می‌گویند برخلاف آموزه های دین اسلام است.
شورای علمای افغانستان با صدور یک فتوا هر گونه جنگ در برابر حکومت افغانستان را خلاف دین اسلام خوانده است. این شورا گفته است "مبارزه مسلحانه و انجام سایر اعمال تحت نام جهاد در مقابل جمهوری اسلامی افغانستان که ۹۹ فیصد مردم آن مسلمان است و قانون اساسی آن نیز در سطح منطقه از همه بیشتر اسلامی می‌باشد، هیچگونه جواز شرعی ندارد. بر اساس نصوص دينی حکم جهاد تنها صلاحيت دولت اسلام (حاکم مسلمان) است."
مولانا عبدالقادر امامی غوری، یکی از علمای دین به صدا امریکا گفت که دین اسلام اجازه نمی‌دهد کسی در مقابل حکومتی اعلام جهاد کند که از سوی مردم انتخاب شده باشد.
آقای غوری در مورد جنگ طالبان در افغانستان گفت: "طالبان یا گروه های دیگری در که در مقابل حکومت می‌جنگند، از نقطه نظر شریعت، باغی یاد می‌شوند."
آقای غوری افزود که جنگ بر ضد حکومت افغانستان، با وجود خلاها و ضعف‌هایی که دارد، در مقابل این گروه ها جایز است.
او با اشاره به گروه‌های مسلح مخالف دولت افغانستان گفت: " این گروه ها از نقطه نظر شریعت باغی و مفسد فی الارض شناخته می‌شوند که در مقابل شان جنگ و جهاد روا است. این گروه مباح الدم اند، یعنی ریختاندن خون شان جواز دارد."
او گفت که بر اساس حدیث پیامبر اسلام، مردم تا زمانی حق جنگیدن در مقابل حکومت را ندارند که حکمرانان "مانع نماز نشوند و کفر بواح و علنی سر نزدند".
با آنهم آقای غوری گفت از نقطه نظر امر بالامعروف و النهی عن المنکر "باید ضعف‌ها، خیانت‌ها و خلاهای (دولت) گفته شود، اما قیام مسلحانه جواز ندارد."