شماری از مقام های ارشد حکومت وحدت ملی افغانستان به شمول معاونین ریاست جمهوری، معاونین ریاست اجرائیه و اعضای کابینه همزمان با وظایف دولتی عضویت یا رهبری احزاب سیاسی را هم به عهده دارند.
عبدالرشید دوستم، معاول اول رئیس جمهور در عین حال رهبر جنبش ملی اسلامی هم است. محمد محقق، معاون دوم رئیس اجرائیه حکومت، رهبر حزب وحدت ملی اسلامی مردم افغانستان است. صلاح الدین ربانی، وزیر امور خارجه همزمان رئیس حزب جمعیت اسلامی افغانستان است.
حنیف اتمر، مشاور امنیت ملی ریاست جمهوری، سرور دانش، معاون دوم رئیس جمهور، انجینیر محمد خان، معاول اول ریاست اجرائیه، و نورالحق علومی، وزیر داخله هم در گذشته عضویت احزاب سیاسی را داشتند و هنوز مشخص نشده است که آیا آنها حالا از مسوولیت های حزبی و فراکسیونی شان دست برداشته اند یا نه.
اگر چه در قانون اساسی افغانستان عضویت در احزاب سیاسی برای مقام های ارشد دولت، به استنثای وزرای سکتور امنیتی و مقام های قضایی، منع نشده است اما شماری از اعضای ولسی جرگه از اینکه مقام های حکومتی همزمان رهبران و اعضای احزاب سیاسی اند، اظهار نگرانی می کنند.
عبدالستار خواصی، منشی اول ولسی جرگه به صدای امریکا گفت "این یک موضوع قابل نگرانی است...پس از مرخصی شورا ما روی آن بحث خواهیم کرد". به باور آقای خواصی بهتر است وزرای کابینه، غیر حزبی باشند.
اطمینان ریاست جمهوری
رئیس جمهور و رئیس اجرائیه حکومت وحدت ملی افغانستان اعضای کابینه را مشترکاً انتخاب و برای تایید به ولسی جرگه معرفی کرده اند.
به گفته جاوید فیصل، یکی از سخنگویان رئیس اجرائیه، گزینش وزرای کابینه بر اصل شایستگی افراد صورت گرفته است نه بر مبنای تعلقات حزبی آنها.
از جانب دیگر اجمل عبید عابدی، سخنگوی ریاست جمهوری به صدای امریکا گفت "رئیس جمهور افغانستان مطمين است که وزرای کابینه و دیگر مقام های بلندپایه دولت که در عین زمان عضویت یا رهبری احزاب سیاسی را به عهده دارند، منافع ملی افغانستان را مقدمتر می دانند و به آن متعهد می باشند... تمام وزرا سوگند ياد كرده اند كه به منافع ملی پابند باشند".
آقای عابدی همچنان گفت در صورتی که مقامی از امکانات و صلاحیت های حکومتی به نفع حزب اش سؤاستفاده کند، "قوانين كشور وضاحت دارد".
بر اساس گزارش های سازمان شفافیت بین الملل، افغانستان یکی از فاسدترین دولت های جهان را دارد. یکی از موارد فساد اداری که در افغانستان کمتر به آن پرداخته شده است، گزینش افراد مورد نظر وزیر و دیگر مقام های عالی رتبه، در دوایر تحت رهبری آنان بوده است.
معمول نیست
عبدالستار مراد، مسوول سیاسی حزب جمعیت اسلامی افغانستان به صدای امریکا گفت که صلاح الدین ربانی، وزیر امور خارجه از سمت اش به حیث رئیس این حزب کنار نخواهد رفت.
آقای مراد گفت "در افغانستان معمول نیست که کسی به خاطر احراز پست حکومتی از موقف حزبی خود انصراف کرده باشد".
اگر چه ولسی جرگه ده نامزد وزیر حکومت را رد کرد اما بیشتر بحث های قانون گذاران در باره تابعیت دوگانه و اسناد تحصیلی نامزد وزیران متمرکز بود تا به وابستگی های حزبی و سیاسی آنها.
به باور ودیر صافی، استاد پوهنځی حقوق و علوم سیاسی در پوهنتون کابل پیوند های سیاسی اعضای کابینه به ویژه اینکه در زمان تصدی پست های دولتی افراد نباید بنابر منافع حزبی کار کنند، باید محور اصلی بحث های ولسی جرگه بر سر تایید یا رد نامزد وزیران باشد.
در بیشتر از یک دههء گذشته بیشتر از صد حزب و انجمن سیاسی در افغانستان در وزارت عدلیه نام نویسی کرده است اما در این میان فقط احزاب انگشت شماری در تصامیم سیاسی و معاملات قدرت نقش داشته است.
با توسعه نفوذ احزاب سیاسی در افغانستان و به ویژه با تشکیل حکومت جدید، رهبران حکومت وحدت ملی بر ایجاد تغییرات اساسی در سیستم انتخابات که راه را برای مشارکت بیشتر احزاب بگشاید و تغییر احتمالی نظام سیاسی کشور از ریاستی موجود به صدارتی پارلمانی موافقه کرده اند.