تعداد از مسؤلان سابق اداره های استخباراتی و امنیتی افغان میگویند که لشکر فاطمیون یک تهدید بـالقوه در برابر امنیت افغانستان میباشد.
این ماموران سابق افغان، در یک گفتمانی که به هدف مطالعۀ عوامل ایجاد لشکر فاطمیون، چگونگی سربازی گیری و تاثیرات ان بر امنیت ملی افغانستان، در کابل تدویر یافته بود، همچنان هشدار دادند که لشکر فاطمیون در برخی از موارد در داخل افغانستان نیز وارد جنگ شده است.
آرین شریفی، رئیس سابق ارزیابی تهدیدات در شورای امنیت ملی افغانستان، میگوید کـه ایجاد و جنگ لشکر فاطمیون به نیابت از ایران، بـر روابط کابل و بـرخی از کشورها تاثیر گذاشته و این لوا را یک تهدید بالقوه برای امنیت افغانستان میخواند.
به گفتۀ این مقام سابق، هم اکنـون مراجع لشکر فاطمیون در ولایت های کابل، هرات، دایکندی و بامیان مشخص شده و زیر نظر است.
لشکر فاطمیون از جمله نیروهای تحت نظر سپاه پاسداران ایران میباشد.
بخش عمدۀ جنگجویان نیابتی که سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران به سوریه میفرستد، جوانان شیعۀ افغان و شیعیان پاکستانی اند که به ترتیب زیر لشکر فاطمیون و زینبیون در کنار قوای طرفدار اسد قربانی میدهند.
براساس گزارش ها، از سال ٢٠١٣ تا سال ٢٠١٧، حدود پنجاه هزار افغان در چارچوب لشکر فاطمیون در سوریه جنگ کرده است.
