شمار دقیق مسلمانان شیعه در افغانستان معلوم نیست، اما شیعیان ادعا دارند که ۲۰ تا ۲۵ درصد جمعیت افغانستان را تشکیل می‌دهند.
در نشست سال ۲۰۰۱ بن که قدرت به اساس سهمیه اقوام تقسیم شده بود، سهم هزاره‌ها و شیعیان ۲۰ درصد در نظر گرفته شده بود.
اما در سه سال گذشته که طالبان بر افغانستان حاکم شده اند، برای شیعیان جایگاه واحد و مشخصی در حکومت وجود ندارد.
فرشته عباسی، پژوهشگر بخش افغانستان در دیدبان حقوق بشر، می‌گوید که شیعیان در افغانستان، از زمانیکه طالبان بر افغانستان حاکم شده اند، "دیگر آزادانه نمی‌توانند مراسم مذهبی خود را انجام دهند."
او با اشاره به ترکیب شورای علمای طالبان گفت: "هیچ یک از رهبران فقه جعفری در آن شامل نیست و به نظر من این واضح می‌سازد که طالبان یک گروه انحصار طلب است که به نسخه به شدت افراطی از اسلام باور دارد."
ذکریا مشکور کابلی، عالم فقه جعفری، می‌گوید که شیعیان و هزاره‌ها تحت حکومت طالبان، از تمام "حقوق طبیعی خود محروم" اند. او گفت: "تحت حکومت طالبان حملات انتحاری بر مساجد، حسینیه ها و تجمعات شیعیان در سراسر افغانستان ادامه یافته و سیاست کوچ اجباری شیعیان به خارج از افغانستان به شکل سیستماتیک ادامه دارد."
کوچ اجباری، مبحثی جنجال برانگیز برای شمار وسیعی از شهروندان افغانستان بعد از ورود طالبان به کابل بوده است.
سید احمد موسوی مبلغ، حامی حقوق اقلیت تشیع درافغانستان، می‌گوید که این کوچ اجباری، یکی از نگرانی‌های عمده شیعیان است. مبلغ گفت که در برخی از مناطق گزارش شده است که شیعیان "به روش های مختلف، مجبور به کوچ از سرزمین اجدادی خود می‌شوند و املاک و دارایی هایشان به اشکال مختلف ضبط و غصب می‌شود."
در سال ۱۳۸۲، فقه جعفری در کنار فقه حنفی در قانون اساسی افغانستان رسمیت یافت و شیعیان در موضوعات احوال شخصیه و سایر مسایل تابع مذهب خود بودند.
اما حکومت طالبان اکنون تدریس فقه جعفری را در تمام مکاتب، به شمول مکاتب خصوصی، ممنوع کرده است.
مبلغ گفت که آزادی مذهبی را که شیعیان در افغانستان داشتند، حال به کلی از بین رفته است. او گفت: "قانون احوال شخصیه تشیع که در حکومت جمهوری یک قانون رسمی بود، غیر قابل اجرا اعلام شده است".
او می‌گوید که طالبان، تدریس فقه جعفری را در دانشگاه ها که یک مضمون رسمی بود، ممنوع ساختند و این اقدامات نشان میدهد که "عملاً بسترهای سرکوب شیعیان توسط طالبان در حال فراهم شدن است".
این در حالی است که طالبان همواره ادعا می‌کنند که حقوق مساوی را برای تمام شهروندان افغانستان در سه سال گذشته مهیا کرده اند و شیعیان در حکومت آنان سهم دارند. عبداللطیف نظری، معین فنی وزارت اقتصاد طالبان، و شیخ مدار علی کریمی، معین وزارت شهرسازی و مسکن، تنها دو شیعه‌ای هستند که در مقام‌های بلند حکومت طالبان ایفای وظیفه می‌کنند.
درتازه ترین گزارش کمیسیون ایالات متحده در امور آزادی بین‌المللی ادیان که در اوایل ماه آگست به نشر رسید، آمده است که حاکمان افراطی طالبان، علمای دینی دیگر را خاموش ساخته و اقلیت‌های مذهبی را از برگزاری مراسم مذهبی منع کرده اند.